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FYI:計算機を使用した再現可能な研究のための10個の簡単な規則/割と早く帰宅

本日は、大学院で、三橋利晴先生↓より標記のことを教えていただきました。




元の論文が↓で、それをもとに簡単に説明していただきました。


Ten Simple Rules for Reproducible Computational Research





・三橋先生の「超訳」をのせておきます。


ルール1:すてべの結果がどのように計算されたかを把握する。

ルール2:手で作業するステップを避ける。

ルール3:使用されたすべての外部プログラムの正確なバージョンを補完する。

ルール4:すべてのカスタムスクリプトをバージョン管理する。

ルール5:すべての中間結果を標準化された形式で記録する。

ルール6:ランダム性を伴う解析におけるランダムシードを記録する。

ルール7:図形のプロットなどの元になる生データを保存する。

ルール8:分析結果の出力を階層的に作り、詳細化した各段階を検査できるようにする。

ルール9:結果と解釈を結びつける。

ルール10:スクリプト、実行、および結果へのパブリックアクセスを提供する。


・お話聞いていて、エクセルでは統計処理できないなと思いました。

・余談ですが、ランダムシードをきいて、ガンダムシードを連想するのは私だけ?


・何のことかわからない方(多分ほとんどの方)は原文をお読みください。


・その後毎週行っているcritical appraisalでは、↓の論文を読みました。色んな意味で面白かったです。


Antipyretic effect of Mao-to, a Japanese herbal medicine, for treatment of type A influenza infection in children


Phytomedicine 14 (2007) 96–101 

 

file:///C:/Users/michibata/Downloads/Antipyretic%20effect%20of%20Mao-to%252C%20a%20Japanese%20herbal%20medicine%252C%20for%20treatment%20of%20type%20A%20influenza%20infection%20in%20children%20(1).pdf




・一応この論文の「主張」は、麻黄がA型インフルエンザの熱に効果があると言うことですが、内容読んでみると臨床的に本当に意味があるのかどうか、疑ってしまいます。


・余談ですが、小さい子供に麻黄をつかっているのでちょっとびっくり・・・私、漢方薬は素人なので良くわかりませんが、ネットでみてみると子供にも使っているのですね。でも、添付文書みたらこんな記載が↓


「小児等に対する安全性は確立していない。[使用経験が少ない]」
・まあ、慣れているDr.がお使いになるのは、いいんでしょうかね?
以下ちょっとだけ日記

・今日は5時44分起床。朝勉して出勤です。(もっと早く起きられたら庭の草抜きもできるのに。)午前中外来でしたが、スムースに終えることができ鴨方駅へ。駅前の木村屋のパン屋でサンドイッチとスムージー買って駅で昼食。(この孤独なオッサンの雰囲気がたまらん)岡山駅について途中イオンによって買い物して大学へ。で、上記勉強して19時45分頃帰宅でした。

・お風呂入って、夕食食べて、現在一服中。これから一踏ん張り勉強してから寝ます。なんせ明日は、チョウチョウジョウですから。


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